釋迦牟尼初轉法輪，開示了《四聖諦》的真理，此後佛弟子依佛安住梵修，期能證得滅諦，其主要方法（道諦）是戒定慧三學。
依部派佛教傳統，將佛世戒定慧三學依序作總整理介紹的，以五世紀時，斯里蘭卡覺音尊者所著的《清淨道論》最為著名。「戒」主要是討論基本五戒，四眾弟子則有數目不等的詳細戒條。「定」即是三昧，指經過一些步驟，將意識集中於某一對境，最後達成與其結合（即所謂「瑜珈」）的境界（心一境性），部派時代，將三昧分成空、無相、無願三種方式，《清淨道論》則描述了四十種禪定。
「慧」則指對諸法自性空的了悟。人法二無我是佛教的基本精神，也是其與其他宗教相區別的根本之點，慧觀的方法是四念住（身、受、心、法），釋迦牟尼曾說自己是由四念住的慧觀而成正覺，過去及未來諸佛亦是依此而證悟，也只有這個方法，才能使眾生證得涅槃滅諦。
至西元一世紀大乘興起時，相信釋迦牟尼成佛以前的菩薩階段，其實踐及所依之理論，較聲聞及緣覺更為廣大，因而形成了菩薩思想，稱為「大乘」。大乘認為究竟的境界是菩提，以此取代了部派佛教時代受各宗教影響偏重解脫的氣氛。菩提即是智慧，包括三種，其完全實現即為「無餘涅槃」，三世紀的龍樹則特別指出，實現的過程也是一種涅槃，稱為「無住涅槃」，因為依緣起法，涅槃必須與眾生一同達成，利他即是自利，是以在涅槃的實踐過程中，為了眾生將有無數的事必需完成。如此將菩薩實踐階段，修行的對象推廣及一切眾生。
以此為基礎，對三學都有了重大的發展。「戒」方面形成了菩薩三聚淨戒，「禪定」則如小品般若談及的百八三昧、六萬三昧，「慧觀」也分成多門，羅什所譯的《禪秘要法經》中，修慧觀的方法已與傳統的四念住大不相同。這些對三學的討論經過二百年漸漸擴充累積，龍樹將之匯集作了總整理，著出了《菩提資糧論》（大正，冊32，No.1660），將這些方法分為福業及慧業所積聚，而大別之有六項，即是六波羅蜜，由於它是成佛的條件或方法，因此定名為「資糧」。
六度的內容還是包括在三學之中，只是由於時代不同，內涵也擴充了很多，有必要作一次的畫分，重新提出一個新的架構，此後討論成佛方法的，就多從傳統的三學方式，改由六度的項目來討論。但龍樹在論中諄諄教誡，由於佛體具有無邊功德，所以成就菩提的資糧亦是無有邊際，六度僅是依眾生有限的智力而說的，而以六波羅蜜處俗度眾
時，菩薩行者應「諸論及工巧，明術種種業，利益世間故，出生建立之」。這種以六度廣習各種方便善巧的能力來度化眾生，是大乘「無住涅槃」的重要觀念。 至五，六世紀的無著世親時代秉持著這種精神，《瑜伽師地論，菩薩地》提出五明為菩薩所應學，《菩薩藏經》更將菩提資糧擴大成為六度四攝，世親在《資糧譚》（藏文，4166）中也特別強調：應精進於度眾的四攝法，盡力利濟眾生。當時的國王正從婆羅門教的信仰轉移至佛教，外道如正理派都有了很大的發展，佛教乃順應潮流吸收其特長，形成了對因明的重視，以提高自己在當時的地位。四攝法中的「同事」一項，頗能反映大乘順應潮流而廣學的精神。
順著這種精神發展，七、八世紀婆羅門教重視咒術祭儀，且兼具佛教的許多特色後（一神信仰、梵我合一），在社會上逐漸成為大潮流，也成為佛教的壓力，佛教勢必依據傳統的精神，學習其專長，而使之成為一種新的菩提資糧。但此時所學與已往大不相同，不再是一些哲學理論，而是以咒術祭儀為主，這是因為時代潮流不同所致。如此就形成了「 顯密融貫」的學風，將組織後的咒法祭儀稱為「密」，佛教 本有的哲理及修行方法稱為「顯」。
對於咒術祭儀過分吸收重視，無疑會使佛教本身愈益同化於新興的印度教，所以「顯密融貫」應該具有以下兩要項：
（一）以顯乘慧觀的內涵（般若智）為核心。
﹝二）顯密皆為成佛資糧，而且既然將密法吸收入佛教之中，經過歷史的演變，一定會產生融合的現象，也就是出現某種組織化或系統化。這個次序應該是先顯後密，因為是以佛教為基礎而吸收密法的。
很明顯的，掌握了第（一）項就掌握了佛教的精髓而不會同化於外道。至於達到空性慧的方法，佛教經長期的發展，已有了數量龐大的論典，透過這些研究，再加六度四攝的實踐，即能證入滅諦，若能將這些安置為基本所應學，更能維持佛教傳統的特色，而在此基礎下所運用的咒術祭儀，也是被佛教涵攝後的方法，大不同於印度教。否則沒有顯教教理實修基礎，貿然直接學習咒術祭儀，就與外道沒有差別了。在以後西藏的歷史中，稱這種人為「咒師」（sngags pa ），其作為佛教徒的資格，是常令人懷疑的七世紀密乘初興時，那爛陀寺對陀羅尼就很重視，並且 編纂了密續《持明咒藏》，寺中也有壇場供傳法誦咒。且設祭祀之神。此時僅為注意而學習的階段。八世紀時，
顯密融貫大體上出現了組織化的規模。那寺主講寂護的主要弟子蓮花戒，曾著了四篇連貫性的文章《究竟果燈》（藏文，No.2320）、《菩提行燈》（藏文，No.2321）、《瑜伽道燈》（藏文，No.2322）、《秘密心燈》（藏文，No.2323），表達了上述兩點特色。在《究竟果燈》中，他認為順業因所得的果是暫時的，
究竟的果則是了悟的五身，其中又以性空法身為根本。如此就掌握了佛教的基本觀點。而在《菩提行燈》中則主張「力聚福德糧，智慧糧亦同，具足三律儀，習六波羅蜜，行四灌瑜伽」，顯密修法同為菩提資糧，但論中多談及顯乘的皈依、供養、懺悔、念誦、住屍陀林及四念住等修法，密乘僅言及初步的思念本尊天、獻朵馬等。然而在《瑜伽道燈》中，除略言顯乘修法外，開始論及誦咒經，禁戒行、脈、輪等的密乘較深入的修法，至《秘密心燈》則完全討論密乘
無上瑜伽部氣脈明點的修行，並且說經由上述密法的修行，能了解緣起法（顯乘），且「金剛快腳將成就」（密乘），認為在求取菩提上，金剛乘較為迅速。
這四部著作在順序上，明顯地以顯乘修法為基礎。來組織顯密融貫的體系。將佛教的最基本教理攝在第一篇，將最深奧的密修攝在最後一篇。中間二篇顯密兼論，但顯乘先繁後略，密乘先略後繁。從編排的順序可以看出，當時安置在佛教之中的密法，已經有某種程度的組織化了。不過該文論及顯乘修法時，則未有排定次第，僅是將重要的修法都提及而已。
至八世紀建立的超戒寺，已是在顯密融貫的基礎上專弘密乘了，幾乎在論及修法時，常顯密融通而談。十世紀菩提賢所著的《禪定資糧品》（藏文，No.3924）為阿底峽極注重而在《菩提道燈》中所引用，該論起始，菩提賢即說：本論是隨於密咒經藏及波羅蜜經藏，來宣說禪定的資糧。
至阿底峽的《禪定資糧品》（藏文，No．2460）中，也表明該論是為了讓密咒行者，能了解禪定的支與非支而起抉擇，因為即使依於密咒法，損毀了禪定分支亦不能成就三昧。
但他所談的分支幾乎都是顯乘所談的內容，這就明白表示：
顯乘是蜜乘的基礎。其《一念優婆提舍》（藏文，No.3928 ）則表示：菩薩初發心（顯乘）至未得大灌頂（密修）之間，應行智慧及方便二事，而智慧即是了知諸法無自性，本性即法界性。這篇短文更充分表明了前述顯密融貫應具之兩項特色。可以說，阿底峽時代的超戒寺，顯密融貫的理論及次第已經完全成熟齊備了。
但是，以顯密融貫的系統，對整個成佛資糧作通盤整理，而且組織最為完善的，首推《菩提道燈》。該論第6頌說：「於諸勝有情（上士），求大菩提者，當說諸師長，所示正方便」，這個正方便就是成佛的方法，也就是菩提資糧，包括了兩部份，一部分是顯乘的方法（第7～58頌），另一部分是密乘的方法（第60～67頌），如此將顯密乘作了融通，而顯乘的慧學中，討論諸法無生的法空思想，以此表達了佛教的基本觀點。除了先顯後密的次第外，其顯乘中又依傳 統排定了戒定慧三學的次第，整部論次序井然，這點是蓮花戒前述著作中所未具有的。在論中阿底峽也一如蓮花戒，認為密咒乘的修法能較迅速達到菩提的目標。他入藏後至拉薩大昭寺時，曾為了講解密乘戒律問題與種敦觀點不合而作罷，種敦的理由是，那此討論對西藏並不適當，阿底峽說：密咒的戒律及金剛歌等不能講解，我來藏地就無意義了，這個事件頗能說明他認為金剛乘較為迅速的觀念。但是《
菩提道燈》密咒乘的部分並未如顯乘一般，列出修習的次第，這一部分看起來顯然是為了回答問題而羅列的，在阿底峽自撰的釋中也未探討這個問題，最可能的答覆是由於傳承不同，而次第不同。而且密法除無上瑜伽部的四部灌頂次第嚴明外，其餘的密法繁多紛雜，有的則在歸入何部尚有問題，更不用談及次第了。所以這個問題若按《菩提道燈》的精神來看，得到上師灌頂，隨許後，上師自然會依傳承及弟子的根基，授予他修學的次第。
這個答案也可以用來回答《菩提道燈》中所顯現的另一問題：既然密咒乘較為迅速，而又要以顯乘為基礎，則顯乘修至何境界才可以進修密咒呢？答案自然也是看上師的觀察及各個傳承的傳統了。
如此以顯密的菩提資糧來追求無上菩提，所形成的金剛乘即是佛教，完全不同於外道。阿底峽在桑耶寺撰著的《超世間七支儀軌》（藏文，No.2461）認為：顯乘的普賢七支供養，若能以空性慧行之，即是金剛乘的修行。這明白表示，並非密咒行才算是金剛乘。在此，金剛乘就是佛教，也等於「顯密融貫」，而非「顯密融貫」中那個範圍狹隘的「密乘」。這個觀念影響藏人至鉅，當時西藏教法混亂，不但密法令人不解，顯密間也互相排斥，自阿底峽的《菩提道燈》後，藏人認為，以顯密方式來達到無上菩提，就是佛教，就是金剛乘。藏人慣稱前一方式為「波羅蜜乘」，稱後一方式為「密咒乘」，漢人卻誤以為顯密菩提資糧中的密法就是藏傳佛教，可以說只看到了藏傳佛教的半面，這完全是未能對藏傳佛教作較深入探討所導致的結果。
節錄阿底峽《菩提道燈》內容研究