二戰臨近尾聲，美國計畫對日本投擲原子彈的前數周，長崎市原本完全不在美國轟炸的考慮之列，古都京都才是轟炸的首選城市。史學家說，由於當時的美國戰爭部長史汀生對京都懷有個人的情感因素，才讓京都逃過原子彈爆炸浩劫。

一九四五年八月六日和九日，美國在日本的廣島、長崎兩市分別投下原子彈，迫使日本宣布無條件投降，二戰落幕。

在此之前，由美國軍事將領、軍官、科學家組成的「目標委員會」臚列的投彈城市清單，排名第一的是擁有逾兩千佛寺與神道教神社，包括十七個世界遺產的京都。會議紀錄顯示，委員會的理想目標是人口百萬的城市工業區，且形容京都「是個更能體會這項武器不是小玩意的城市」。

英國廣播公司引述史蒂文斯理工學院科學史家威勒史坦恩的話說：「軍方認定京都是理想目標，因為京都從未挨轟過，且是許多大工廠的所在地。科學家也偏愛京都，因為當地有許多大學，他們認為京都人較能體會原子彈不單是另一種新的武器，還稱得上是人類歷史的轉捩點。」